ファミリーコンピュータ、スーパーファミコン全盛時代、スクウェアとエニックスの2社は任天堂のサードパーティーとして重要な位置にあった。特にスクウェアは、任天堂との絶大な信頼関係を持っていた小学館（ゲーム・オン!編集部）との合同企画として『ライブ・ア・ライブ』を製作したり、『スーパーマリオRPG』を共同開発するなど、お互いに強い信頼関係を持っていた。

しかしその関係は、任天堂が容量の制約が厳しいカートリッジROMの採用に固執したため、『スーパーマリオRPG』の開発以前から関係に支障をきたし始めていた。『スーパーマリオRPG』以降、信頼関係が崩れ始め、『トレジャーハンターG』を最後に任天堂ハードへのソフトの供給およびNINTENDO64用に開発していた約10タイトルのソフトの開発を中止する。 鈴木尚スクウェア社長（当時）によれば、プレイステーション（PS）に独占供給した際に任天堂の山内社長は「機種の選択という意味では仕方がない」と言ってくれたが、その際にエニックスをPS陣営に誘い、NINTENDO64は駄目だと吹聴し、任天堂との確執を生んでしまった。

翌年、エニックスは『ドラゴンクエストVII』のPSでの開発、発売を発表する。エニックスはPS参入後も任天堂ハード用のソフトを販売した。スクウェアの映画事業における失敗から、既にソニー・コンピュータエンタテインメント（SCEI）の資本参加を受ける事を決定したものの、任天堂との断絶した関係の回復のために山内溥社長（当時）との交渉を行った。当時の任天堂は、据え置き型ハードのシェアは不振だったが、携帯型ゲーム機とソフトウェア販売の業績は好調であった。そのため、デジキューブで任天堂商品が扱えない事が株主総会で問題となり、「土下座してでも任天堂と和解しろ」という意見に、デジキューブ染野取締役（当時）が「土下座してなんとかなるものなら、いくらでもしますよ」と答えた事もあった。この段階では交渉は決裂していた。

2005年10月には、開発をスクウェア・エニックス、発売を任天堂が担当する『マリオバスケ 3on3』が発表され、スクウェア・エニックスから「これからも任天堂とがっちりコラボレートしていこうと思っている」との旨が語られた。その後も『ファイナルファンタジーIII』（リメイク作品）などのヒット作が生まれた。一時は断絶関係にあった任天堂とスクウェア（現スクウェア・エニックス）は、再び協力体制へと向かっていると見られる。
スクウェア・エニックス - Wikipedia